Perubahan Nama

SMP Kanisius Wonosari pernah mengalami perubahan nama menjadi SMP Kanisius Wonosari I karena berdiri SMP Kanisius yang kedua, yaitu di Desa Bogor, Kecamatan Playen, Kabupaten Gunungkidul yang disebut SMP Kanisius Wonosari II. Tetapi setelah SMP Kanisius Wonosari II ditutup karena kehabisan siswa maka SMP Kanisius Wonosari I berubah lagi menjadi SMP Kanisius Wonosari.